|
|
مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام، جلد ۲۱، شماره ۲، صفحات ۹۲-۱۰۲
|
|
|
| عنوان فارسی |
آنالیز بیان ژن داده های ماکرواری بیماری لوکمیا با برنامه DAVID |
|
| چکیده فارسی مقاله |
چکیده مقدمه: سرطان خون یا لوکمیا بیماری پیشرونده و بدخیم اعضای خون ساز بدن است. ناهنجاری های ژنتیکی نقش بسیار مهمی در رشد لوکمی در بدن دارد. مطالعات زیادی پیرامون کشف عوامل ملکولی درگیر در این بیماری صورت گرفته است یکی از حوضه های دانش جدید در کشف بیان ژن ها در حالت بیماری استفاده از تکنولوژی ماکرواری است که یک تصویر کلی از میزان بیان ژن را در سایز بزرگ ژنومی ارائه می کند. در واقع با بررسی تعداد زیادی ژن در کنار یکدیگر انتظار می رود تغییرات حاصل از بیماری را دقیق تر بتوان در علم بیولوژیک مورد بررسی قرار داد. در این مطالعه داده های حاصل از ماکرواری بیماری لوکمیا توسط برنامه DAVID مورد آنالیز قرار می گیرد و هدف آن انجام آنالیز های عملکردی بر روی لیست های ژنومی و پروتئومی که داده های آن ها از مطالعات بیولوژیک با دستگاه های پیشرفته(high-throughput) حاصل می شود. مـــواد و روش هـــا: ســـت ژنـــی مـــاکــــــرواری لـــوکـــمـــیـــا از پـــایــــــگـــاه داده http://www.biomedcentral.com/content/supplementary/1471- به دست آمد و با تجزیه و تحلیل یافته ها با نرم افزارهای بیوانفورماتیکی(DAVID)، ارتباطات بیان ژن در قالب کلاس های مختلف ژنی، چارت ها و خوشه بندی ژن ها مورد بررسی قرار گرفت. یافته های پژوهش: لیست ژن های شناسایی شده در میکرواری با برنامه DAVID تهیه شد. از 615 ژن شناسایی شده ارتباط با کلاس بیماری های مختلـــف شناســـایی شد. بیشترین ژن های دخیل در بیماری در دسته ژن هایی هستند که در انواع سرطان ها دخالت دارند. 7/23 درصد ژن های شناسایی شده(146 ژن) در بیماری لوکمیا در دسته ژن های موجود در انواع سرطان ها هستند. از 615 ژن شناسایی شده 70 چارت مسیرهای بیولوژیکی(موجود در پایگاه داده KEGG) مرتبط با بیماری شناسایی شد. از 615 ژن شناسایی شده 12 کلاستر بر اساس حاشیه نویسی عملکردی مرتبط با بیماری شناسایی شد. بحث و نتیجه گیری: نتایج نشان می دهد که برنامه آنالیز ژنوم DAVIDقادر است کلاس های مهم ژنی و مسیرهای اصلی درگیر در بیماری را تعیین نماید و بهترین کاندیدا مارکر ژنی برای تشخیص بیماری، علت آن و درمان لوکمیا را معرفی نماید. |
|
| کلیدواژه‌های فارسی مقاله |
ماکرواری، بیماری لوکمیا، برنامه DAVID، بیان ژن |
|
| عنوان انگلیسی |
Gene Expression Analysis of Leukemia Microarray Data By DAVID Program |
|
| چکیده انگلیسی مقاله |
Introduction: Leukemia is a progressive and malignant disease of hematopoietic organs of the body. Genetic abnormalities play an important role in the development of leukemia in the body. Many studies have been accomplished on the molecular factors that involved in the disease. DNA micro-array technology provides a general picture of gene expression in whole genome and applied for the exploring of candidate genes that lead to diseases. In fact, having analy-zed a large number of genes together along with the expected changes provides more closely examination the disease under stu-dy. In the present study, the DNA micro-array data of leukemia disease were analy-zed by bioinformatics software (DAVID). The aim of the study was to functionally analyze the genomic and proteomic lists of data that have been obtained with high-throughput tools during biological studies. Materials & Methods: Microarray leuke-mia gene sets were obtained from the data-base http://www.biomedcentral.com/ cont-ent/supplementary/1471 and analyzed with the bioinformatics software (DAVID). The communication gene expression in different classes, chart and clustered genes were examined. The list of genes was identified by the DAVID analysis program. Findings: A chart consisting of 615 ident-ified genes associated with various diseases was detected. Most genes involved in the disease were those genes that were also involved in cancers. 23.7% of the identified genes (146 genes) were cancer genes. Of 615 genes, 70 charts of the identified biolo-gical pathways (the database KEGG) were associated with the disease. Of 615 genes identified, 12 clusters were associated with the disease based on the functional annot-ation. Discussion & Conclusion: The results sho-wed that the program, DAVID, is capable of analyzing genome. Also, the program was capable to evaluate the main classes of genes and pathways involved in the disease to determine the best candidate gene mark-ers for the diagnosis and treatment of leuk-emia disease. |
|
| کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله |
microarray, leukemia, program DAVID, gene expression |
|
| نویسندگان مقاله |
حکیمه زالی | h zali
راضیه امینی | r amini
رضا شیری هریس | r shiri haris
|
|
| نشانی اینترنتی |
http://sjimu.medilam.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-220-124&slc_lang=fa&sid=fa |
| فایل مقاله |
اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/48/article-48-23364.pdf |
| کد مقاله (doi) |
|
| زبان مقاله منتشر شده |
fa |
| موضوعات مقاله منتشر شده |
میکروبشناسی |
| نوع مقاله منتشر شده |
پژوهشی |
|
|
|
برگشت به:
صفحه اول پایگاه |
نسخه مرتبط |
نشریه مرتبط |
فهرست نشریات
|