|
|
مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام، جلد ۲۳، شماره ۳، صفحات ۹۷-۱۰۸
|
|
|
| عنوان فارسی |
بررسی کموانفورماتیکی و اندازه گیری فعالیت آزمایشگاهی لیگاندهای ممانعت کننده آنزیم سیکلواکسیژناز دو Cox۲ انسانی |
|
| چکیده فارسی مقاله |
مقدمه: مهارکننده های انتخابی آنزیم سیکلواکسیژناز دو، نظیر سلوکوکسیب، روفوکوکسیب و والدوکسیب اخیراً به عنوان کاهنده های پاسخ های التهابی به کار می روند، با وجود این هنوز به مطالعات و تحقیقات بیشتری در زمینه مهارکننده های انتخابی Cox2 نیاز است. این مطالعه در راستای معرفی ساختارهای جدید با میل تر‌کیبی بیشتر به آنزیم Cox2 می باشد. مواد و روش ها: ساختارهای شیمیا‌یی با 80 درصد شباهت به سلوکوکسیب، از Pubchem در پایگاه اطلاعا‌تی NCBI استخراج و جمع آوری شد. فایل PDB آنزیم Cox2 (6COX) را در حالت پیوند با لیگاند SC-558 به عنوان لیگاند مرجع، از سایت RCSB PDB به دست آمد. د‌اکینگ لیگاندها به جایگاه اتصال SC-558 را با استفاده از نرم افزار FlexX, Lead IT اجرا شد و انرژی میان کنش های بین ترکیبات مختلف به دست آمد. مقدار IC50 ترکیبات مورد نظر با استفاده از روش غربالگری آزمایشگاهی، بر علیه آنزیم Cox2 تعیین شد. سرانجام با استفاده از روش سنجش MTT، میزان سمیت سلولی ترکیبات مورد نظر تعیین شد. یافته های پژوهش: نتیجه غربالگری در پایگاه داده Pubchem، 5000 مولکول مشابه سلوکوکسیب بود. 24 تا از ترکیبات امتیاز‌های انرژی بهتری نسبت به 6COX باند شده با SC-558 داشتند. لیگاندها به پاکت پیوندی داک شد‌‌ند که با سرین 353، آلانین 527، وا‌لین 523، متیونین 522، فنیل آلانین 518 و لوسین 352 میان کنش نشان دادند. با بررسی چشمی، ترکیبات جهتگیری و حالت پیوندی مشابه با SC-558 نشان دادند. بحث و نتیجه گیری: یافته های ما، رویه محاسباتی کشف ترکیبات جدید ضدالتهابی با فعالیت بیشتر و سمیت کمتر نسبت به مهارکننده های عمومی Cox2 را قوت بخشید. |
|
| کلیدواژه‌های فارسی مقاله |
|
|
| عنوان انگلیسی |
Chemo-Informatics Evaluation and Invitro Bioactivity Mesurment of Human Cox2 Enzyme Inhibitors Ligands |
|
| چکیده انگلیسی مقاله |
Introduction: Cox2 selective inhibitors such as celecoxib, rofecoxib and valdecoxib are recently used to reduce inflammatory response. There is still a need to develop more potent Cox2 inhibitors. This study was conducted to introduce new structures with more affinity to Cox2 enzyme. Materials & methods: Chemical structures with 80% similarity to celecoxib was collected by using PubChem at NCBI database. The PDB file of Cox2 enzyme (6COX) obtained from RCSB PDB website in bounding with ligand SC-558 as reference ligand. Docking of ligands to SC-558 site of Cox2 performed with lead IT software (version 2.1.0 BioSolveIT, GmbH, Germany) and the interaction energy of different compounds was obtained. IC50 value of selected compounds identified by using in vitro screening against Cox2 enzyme. The cytotoxicity assay was performed by using MTT method. Findings: Screening results in PubChem database was 5000 molecules similar to celecoxib. 24 compounds had better energy scores than 6COX bound co-crystallized ligand SC-558.The ligands were docked with the binding pocket that they showed interaction with Leu352, Phe518,Met522, Val523, Ala527 and Ser353. By visual inspection, compounds showed orientation and hybrid mode similar to SC-558. Discussion & Conclusion: our findings strengthened the computational procedure the discovery of new compounds with anti-inflammatory activity and less toxicity than Cox2 general inhibitors. |
|
| کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله |
Cox2, Cox2 selective inhibitors, Docking, MTT method |
|
| نویسندگان مقاله |
سیده فاطمه موسوی | seyd fatemeh mousavi
islamic azad university, sanandaj branch
دانشگاه آزاد اسلامی، واحد سنندج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه آزاد اسلامی سنندج (Islamic azad university of sanandaj)
علی رمضانی | ali ramezani
zanjan university of medical sciences
دانشگاه علوم پزشکی زنجان
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه آزاد اسلامی سنندج (Islamic azad university of sanandaj)
پرویز اشتری | parviz ashtari
nuclear science and technology research institute
پژوهشگاه علوم و فنون هسته ای
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی زنجان (Zanjan university of medical sciences)
فاطمه کشاورزی | fatemeh keshavarzi
1department of biology, sanandaj branch, islamic azad university, sanandaj, kurdistan, iran
. گروه زیست شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد سنندج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه آزاد اسلامی سنندج (Islamic azad university of sanandaj)
|
|
| نشانی اینترنتی |
http://sjimu.medilam.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1524-3&slc_lang=fa&sid=fa |
| فایل مقاله |
فایلی برای مقاله ذخیره نشده است |
| کد مقاله (doi) |
|
| زبان مقاله منتشر شده |
fa |
| موضوعات مقاله منتشر شده |
|
| نوع مقاله منتشر شده |
1 |
|
|
|
برگشت به:
صفحه اول پایگاه |
نسخه مرتبط |
نشریه مرتبط |
فهرست نشریات
|