|
|
مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام، جلد ۲۱، شماره ۴، صفحات ۱۲۳-۱۳۵
|
|
|
| عنوان فارسی |
خوشه بندی بیانی پروتئین های هیپوکامپ موش صحرایی سالم و آلزایمر در حضور عصاره آبی اسطوخودوس |
|
| چکیده فارسی مقاله |
مقدمه: یکی از میان برهای کشف هدف های دارویی بهره گیری از دانش های جدیدی علوم پایه پزشکی نظیر ژنومیکس، پروتئومیکس، متابولومیکس، آمار زیستی و بیوانفورماتیک می باشد که به صورت جامع نگر به مطالعه مباحث بیولوژیک و پزشکی می پردازد. در این مطالعه با کمک دانش پروتئومیکس و استفاده از بیوانفورماتیک و آمار زیستی به شناسایی هدف های پروتئینی دارویی برای درمان آلزایمر پرداخته می شود. پروتئوم هیپوکامپ موش های آلزایمری و سالمی که تحت تاثیر عصاره آبی گیاه اسطخودوس قرار گرفته اند مورد خوشه بندی از نظر میزان بیان قرار می گیرند. مواد و روش ها: استخراج پروتئین از نمونه مغز موش سالم(C) : استخراج پروتئین از نمونه مغز موش سالم(C) و آلزایمری(A) که عصاره دریافت نکرده اند و سالم(CE) و آلزایمری(AE) که تحت انکوباسیون با عصاره بوده اند صورت گرفت و با استفاده از الکتروفورز دوبعدی جداسازی پروتئین ها انجام شد. سپس ژل ها جهت رویت لکه های پروتئینی به روش نیترات نقره رنگ آمیزی شد. پروتئین های چهار گروه با نرم افزار بیوانفورماتیکی مورد آنالیز بیوانفورماتیکی و آماری قرار گرفت یافته های پژوهش: آنالیز بیوانفورتیکی و آماری ژل های به دست آمده از تکنیک الکتروفورز دو بعدی نشان داد که 990 نقطه پروتئینی در چهار گروه مشاهده شد مقایسه پروتئوم A و AE، 49 پروتئین در گروه A وجود داشت که در گروه AE بیانی نداشتند در حالی که 26 نقطه در گروه AE وجود دارد که دارای بیان جدید هستند و ناشی از اثر عصاره است. مقایسه پروتئوم دو گروه C و CE نشان داد که حضور عصاره باعث بیان 80 پروتئین جدید و خاموشی 104 پروتئین شده است بحث و نتیجه گیری: بعد از حذف پروتئین های مشترک بین دو گروهی که تحت تاثیر عصاره بودند پروتئین هایی که در واقع نقش کاندید دارویی برای درمان آلزایمر هستند مشخص شد. تغییرات در سطح ملکولی با آنالیزهای آماری چند متغیره ای نظیر کلاسترینگ یا آنالیز همبستگی و آنالیز مولفه اصلی به خوبی آشکار گردید و گروه های پروتئینی که دارای تغییر بیان بودند در 3 خوشه اصلی معرفی گردید. در نهایت می توان نتیجه گرفت که عصاره اسطوخودوس باعث تغییر بیان معنی داری در سطح پروتئوم می شود و احتمالا فرایند های بیولوژیک ویژه ای را در هیپوکامپ موش صحرایی فعال می نماید که در همراهی با تقویت یادگیری و حافظه در موش سالم و آلزایمری می گردد. |
|
| کلیدواژه‌های فارسی مقاله |
|
|
| عنوان انگلیسی |
Expression Clustering of Proteins of Alzheimeric and Normal Rat Hippocampus Treated with Lavandula Angustifolia |
|
| چکیده انگلیسی مقاله |
: One of the shortcuts to disco-ver drug targets is the utilizing of new kn-owledge of basic medical sciences such as genomics, proteomics, metabolomics, bio-informatics and biostatistics that are apply-ing holistic approaches to study biological and medical subjects. In this study pro-teomics, bioinformatics and biostatistics techniques were applied to identify prob-able therapeutic proteins targets for the treatment of Alzheimer's disease. Hippoc-ampus proteomes of normal and Alzhe-imeric rats treated with aqueous extract of lavender were evaluated with protein expr-ession clustering method. Materials & Methods: Proteins of hippoc-ampus samples from normal and Alzheim-eric rats that treated with aqueous extract of lavender (CE and AE) and without the extract (C and A) were extracted. Proteins were separated by using of two-dimensional gel electrophoresis and the gels were stai-ned by silver staining methods. Bioinfo-rmatics and biostatistics analysis of the separated were accomplished by bioinfo-rmatics software. Findings: Bioinformatics and statistical analysis of the stained gels obtained 990 proteins in the four groups of rats. Prote-omic comparison of A and AE groups reve-aled that the expression of 49 proteins was inhibited, while the expression of 26 new proteins in the AE group was observed that may be due to the present of lavender extract. Proteomic comparison between gro-ups C and CE showed the expression of the 80 new proteins and inhibition of 104 pro-teins. Discussion & Conclusion: After the remov-al of common proteins between the two groups, those proteins that were affected by the extract assigned as drug targets for the treatment of Alzheimer. Changes at the molecular level were revealed with multi-variate statistical analyzes such as principal component analysis or correlation analysis and the clustering of proteins showed that the expression changes have been occurred in three main clusters. Finally, it could be concluded that lavender extract caused significant expression changes in the pro-teome and possibly activated specific biological processes in the rats’ hippoc-ampus that associated with enhancement of learning and memory in normal and Alzh-eimeric rats. |
|
| کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله |
|
|
| نویسندگان مقاله |
حکیمه زالی | h zali
مسعود سهیلی کاشانی | m sohaili kashani
رضا وفایی | r vafaee
لیلی رستم نیا | l rostamnia
|
|
| نشانی اینترنتی |
http://sjimu.medilam.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1167-2&slc_lang=fa&sid=fa |
| فایل مقاله |
اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/48/article-48-23318.pdf |
| کد مقاله (doi) |
|
| زبان مقاله منتشر شده |
fa |
| موضوعات مقاله منتشر شده |
فیزیولوژی |
| نوع مقاله منتشر شده |
پژوهشی |
|
|
|
برگشت به:
صفحه اول پایگاه |
نسخه مرتبط |
نشریه مرتبط |
فهرست نشریات
|