مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام، جلد ۲۰، شماره ۵، صفحات ۲۱۶-۲۲۴

عنوان فارسی آنالیز داده های ژل های الکتروفورز دو بعدی با استفاده از روش های آماری چند متغیره
چکیده فارسی مقاله سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین متغیر را فراهم می کنند. در این مطالعه فرآیند تمایز و پیری سلولی از سلول های بنیادی تا آستروسیت توسط پروتئومیکس مورد بررسی قرار گرفته و کاربردهای آماری نرم افزار های آنالیز ژل مورد توجه قرار گرفت. مواد و روشها : پروتئوم چهار گروه آزمایشی ( سلول های بنیادی، آستروسیت جوان ، آستروسیت با تمایز متوسط و آستروسیت پیر) توسط نرم افزار spots Progenesis Same مورد مطالعه آماری قرار گرفت . آنالیز خوشه بندی ،آنالیز مولفه اصلی و آنالیز Power در بررسی گروه های آزمایشی مورد استفاده قرار گرفت. یافته و بحث : در آنالیز بیوانفورتیکی و آماری ژل های بدست آمده از تکنیک الکتروفورز دو بعدی 940 نقطه پروتئینی با تغییر بیان معنی دار (p< 0.05)در چهار گروه مشاهده شد که مقایسه بین گروه ها حکایت از بیان پروتئینهای جدید و خاموشی برخی از پروتئین ها در مسیر های سیگنالینگ تمایز و پیری سلولی است.آنالیز خوشه بندی، پروتئین ها را از نظر بیان به 2 خوشه اصلی تقسیم نمود که بیانگر وجود پروتئین هایی با بیان مشابه در هر خوشه است که این پروتئین ها می توانند عملکرد مشابهی را در شرایط آزمایش ارائه نمایند یا بیانگر حضور همه آن ها در مسیر بیولوژیکی مشترکی است . آنالیز PCA نتایج حاصل از خوشه بندی را تایید نمود و نشان داد که داده های پروتئینی بر طبق شرایط آزمایش خوشه-بندی شده است. در نهایت می توان نتیجه گرفت که با کمک نرم افزار ،آنالیز آماری به سادگی و با سرعت انجام شد و تغییرات بیان معنی دار ناشی از تمایز و پیری در سطح پروتئوم با آنالیزهای آماری خوشه بندی و PCA به خوبی مورد بررسی قرار گرفت و شاخص های تغییرات مشخص شد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله ژل الکتروفورز دو بعدی ، روش آماری چند متغیره ، پروتئین

عنوان انگلیسی Data Analysis of Two Dimensional Electrophoresis Gels by Multivariate Statistical Methods
چکیده انگلیسی مقاله Background: In recent years technology has emerged to describe the protein spots on two-dimensional gel electrophoresis. Numerous gel statistical analysis software has been developed and the impact of these initiatives on promoting proteomics is impressive. Proteomic analysis of massive data sets with having high variable need multivariate methods to provide the simultaneous analysis of multiple variables. In this study, the process of cellular differentiation and aging of stem cells to astrocytes studied by proteomics and gel analysis software and statistical applications were considered. Materials and Methods: Proteome of four groups (stem cells, young astrocytes, moderately differentiated astrocytes and old astrocytes) were analyzed by the software of Progenesis Same Spots. Cluster analysis, principal component analysis and analysis of power were used in the experimental groups. Results and Discussion: In bioinformatics and statistical analysis of two-dimensional gel electrophoresis technique were detected 940 protein spots with significant expression changes (p < 0.05) in four groups that comparisons between groups suggest that the expression of new proteins and the silencing of certain proteins in the signaling pathway of cell differentiation and senescence. Clustering analysis of the expression of proteins can be divided into two main clusters indicate that there are clusters of proteins with similar expression which these proteins can provide similar performance in terms of testing or indicate its presence in the same biological pathway. PCA analysis confirmed the clustering results showed that the protein has been classified according to the test conditions. Finally, we can conclude that using statistical analysis software to quickly and easily done and significant expression changes induced differentiation and senescence on proteome level as well as evaluated with statistical analysis of clustering and PCA and determined indicators of changes.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله

نویسندگان مقاله حکیمه زالی | h zali


مصطفی رضایی طاویرانی | m rezaee tavirani


علی صید خانی نهال | a seied khani nahal


مهدی شهریاری نور | m shahriari noor


نازنین بلغاری | n bolghari



نشانی اینترنتی http://sjimu.medilam.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-220-93&slc_lang=fa&sid=fa
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/48/article-48-23418.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده میکروب شناسی پزشکی
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات